目前，我国对亲子鉴定缺乏统一、专门的管理，鉴定的部门众多林立，不但有公、检、法的鉴定部门，还有血液中心、研究机构、高等院校、企业等，甚至一些中小城市的某些专业单位为了搞“创收”，即使条件不具备乃至根本无条件也受理亲子鉴定业务。实践证明，当前社会上普遍存在亲子鉴定任意性、泛滥性以及注重商业利益现象，对婚姻家庭关系和社会秩序造成了严重的损害。而这种亲子鉴定的随意性又铸成了各地亲子关系纠纷案件激增的主要诱因。
自近代以来，许多国家通过立法对传统上所形成的婚生子女（即亲子关系）推定制度加以确认，而这种制度的本旨系在确保子女在法律上的身份安定、成长安全的环境与氛围，尽可能不使无责任的子女负担因非婚生子所导致社会上及法律上的不利。因此，法律上的亲子关系未必以血缘上、生物学上的亲子关系为限。虽然我国现行立法对婚生子女推定制度未加以明确确认，但从来都是以习惯法的角度来因循这种传统做法的，并且为司法裁判所确认。但是，也有一些地方政府主管部门出台的规章与此种法律精神相悖。
为了适应审判实务上的需要，最高人民法院于1987年6月15日下发了《关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》（以下简称《批复》）。该《批复》指出，对于双方当事人同意作亲子鉴定的，一般应予准许；一方当事人要求作亲子鉴定的，或者子女已超过三周岁的，应视具体情况，从严掌握，对其中必须作亲子鉴定的，也要做好当事人及有关人员的思想工作。该《批复》出台距今已有20多年，由于该《批复》仅仅是一个笼统的、指导性的意见，而没有设定明确的操作标准，致使在实务上难以妥适把握相应的尺度。
为了解决审判实践中亲子鉴定上的疑难问题，最高人民法院有关民事审判业务庭经过集体讨论，曾形成如下倾向性意见（即指导性意见）：亲子鉴定因涉及身份关系，原则上应当以双方自愿为原则。但是，如果非婚生子女以及与其共同生活的父母一方有相当证据证明被告为非婚生子女的生父或者生母，且非婚生子女本人尚未成年，亟须抚养和教育的，如果被告不能提供足以推翻亲子关系的证据，又拒绝做亲子鉴定的，应当推定其亲子关系成立。
问题是，亲子关系纠纷案件属于身份关系案件的范畴，由于这类案件大多涉及社会公益，对于这类案件应否采用亲子鉴定的方式来查明事实真相，是否仅应根据当事人的意思自治，也就是应当以双方自愿为原则?或者说，在此问题上，法院是否能够从能动司法的角度实行国家干预主义？
亲子关系纠纷案件是一种涉及自然人之间的身份关系案件。这种身份关系案件属于人事诉讼的范畴，而人事诉讼是指因涉及人的身份的确定所产生的权利义务关系的诉讼。从性质上来划分，民事诉讼案件可分为财产关系案件与身份关系案件。而人事诉讼仅涉及某些类型的身份关系案件，如亲子关系案件、婚姻案件、收养案件等，并不涉及单纯的财产关系案件。财产关系案件主要是因当事人之间的财产利益所引起的纠纷案件，并且，财产关系案件主要涉及当事人之间的私权利益，通常与社会公益无涉。因此，国家采取不干预原则，其中主要体现的是当事人主义、辩论主义、处分权主义、法律上的真实主义等原则及诉讼原理，仅在某些环节或领域实行有限的能动司法。这些概不适用于以身份关系为主要内容的人事诉讼。而根据有关法学基本原理，人事诉讼以身份关系与能力关系为其标的，这种身份关系与能力关系，不但涉及当事人主体的利益，更涉及多数关系人的利益，甚至影响社会秩序与国家公益。因此，其所涉及的利益关系禁止当事人自由处分，应实行积极的能动司法。
从许多国家的审判实务来看，在司法上，亲子关系的确定并非完全以血统事实即生物学上的父子关系来作出判断，允许生物学上的父子关系与法律上的父子关系存在一定的距离，其目的在于维护未成年子女的最佳利益以及有关婚姻家庭的和谐与稳定。在一些情形下，由于并不存在司法原则及公共政策所限制的情事，使得案件的公益性需求显得更为强烈，因此有必要强调血统客观的真实性，对于血缘鉴定可制定具强制性的规定；在另外一些情形下，在司法原则及公共政策作用之下，可不将血统客观真实作为建构亲子关系的唯一考量来看待，这是因为，从实体法的角度来看，作为婚生子女推定制度，其立法意图并非基于妻在婚姻关系存续中受胎所生子女系自夫受胎的几率极高，而是为了保障妻在婚姻关系中受胎所生子女身份与地位的安定性。因此，在法律仍有其自身的价值判断条件下，对于被告的相关权益有加以衡量的必要。
长期以来，对于涉及亲子关系纠纷案件的审理，实行积极的能动司法。但是，在现实社会中，亲子关系纠纷案件的特殊性对通常身份关系案件所提倡的实体真实主义提出了尖锐的挑战。这主要是因为，随着科学技术的发展与进步，人类已经完全掌握了通过基因分析判断父母与子女是否存在亲生关系的技术。在某种意义上，采用DNA亲子鉴定这种证明方法，为在亲子关系案件的审理中贯彻与实现实体真实主义提供了可靠而便捷的条件，并且也使能动司法在亲子关系案件审理过程中的贯彻发生结构性的调整。也就是说，只要原告在亲子关系之诉中提出有关诉讼请求及事实主张，并根据法院的要求提交必要的初步表面性证据，只要法院从审理这类案件所应当遵循的司法原则及公共政策出发，认为有必要在个案中追求实体（客观）真实时，既可根据当事人的申请，也可依职权要求相关当事人接受DNA亲子鉴定。法院的能动司法被主要限定在，如果相关当事人拒不接受DNA亲子鉴定时，法院应当如何收集调查相关的证据以及对当事人所未提交的证据加以斟酌这种领域与范围。但是，在诉讼上，当该鉴定将影响当事人或第三人健康、隐私时，尤其是依其结果可能破坏未成年子女既有的最佳利益时，这时不得采取这种血缘鉴定的方式来进行证据调查。这就意味着，在诉讼上，并非不论其情形如何，均以取得血型或DNA鉴定等科学性证据为必要。
上述最高人民法院《批复》的积极作用主要体现在坚持区别情况、慎重对待的原则等方面，对法院就亲子鉴定的必要性所实行的司法审查上具有高度的指导意义。但在今天看来，该《批复》的局限性也日益凸现出来：其一，该《批复》坚持当事人自愿原则，规定对于双方当事人同意作亲子鉴定的，一般应予准许。但是，亲子关系纠纷案件属于身份关系案件的范畴，由于这类案件大多涉及社会公益，原则上，对这类案件应当实行能动司法，对当事人之间的意思自治应当严格加以限制。只有当法院认为采用亲子鉴定有助于实现该个案的公平正义时，才能以司法能动的名义准许采用亲子鉴定，否则应当予以禁止，故在诉讼上应否进行亲子鉴定与当事人的自愿与否无关。其二，目前，利用DNA鉴定技术使得肯定生物学父子关系的准确率在99.99%以上，否定生物学父子关系的准确率则更高，几近100%。而该《批复》所规定的有关亲子鉴定结论的证明效力似乎与此相差甚远。在审判实务上，在许多情形下，只要具备这一鉴定结论便可足以对待证事实加以确认，否则，如果有其他可替代性的证据方法，就不存在采用亲子鉴定的必要性。事实上，在个案当中，只有当申请亲子鉴定的一方当事人提出初步表面性证据之后，法院才有可能作出进行亲子鉴定的决定，以防止当事人采取以促使法院进行亲子鉴定的方式来从事证据摸索。
应当指出的是，近年来，许多国家通过立法对于亲子鉴定活动严格管理。例如，1994年7月，法国所颁行的生命伦理法限制对DNA鉴定的利用，并且，根据法国有关法律规定，“只有根据最高行政法院提出资政意见后颁布的法令规定的条件得到认可的人，才有资格通过遗传特征对人进行鉴定；在司法程序中，前述之人还应当是在司法专家名册上登记的人。”另外，DNA鉴定仅可在裁判程序以及为医学及科学研究的目的才能进行，个人不得自行委托作DNA鉴定，否则受刑事处罚；未经认可的人或者机构也不得进行该种鉴定，违反者也受刑事处罚。在德国，如果男方未经女方同意，擅自做亲子鉴定，将被控侵犯人权罪，处以最长一年的有期徒刑，相关的实验室也会受到法律制裁。